電影: Shinji Ogawa

在2029年的日本「新港市」，打擊新型態科技犯罪的特殊部隊「公安九課」由生化人草薙素子率領其他隊員，因一起凶殺案開始追查神祕的駭客「傀儡師」，傀儡師能透過網路入侵人腦，竄改被害人的記憶。在查案的過程中，公安九課不僅發現傀儡師並非人類，更揭發了駭人的秘密，其中牽扯的不只是日本政府，還有草薙的未來……。...

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柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來，但是卻摸不清敵人的目的為何。在此同時，艦裏發現了一隻自衛隊員的左手殘肢，那隻手上戴了一隻時間停滯在上午5時30分的手錶……在如此不尋常的事態下，大阪府警方與京都府警方也緊急出動直升機前來現場，協力展...

污垢達人正計畫將整個地球變成一個大溫泉，政府的秘密組織溫泉G 組為了阻止他們的野心，到處尋找黃金之魂溫泉，希望借溫泉的神力打倒壞蛋。沒想到黃金之魂溫泉居然就在小新家的地底下，就這樣他們一家人捲入了守護溫泉的正邪之戰，最後因為小新一家人同心協力，終於打倒了污垢達人，拯救世界和平。...

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鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石「天空的貴婦人」的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視台的人也興師動眾前來。隨着時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。...

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1999年的東京，為了執行「巴比倫計畫」填海造陸，大量引進機械人「Labor」，民眾在日常日活中亦廣泛應用。某日，一部無人駕駛的軍用機械人自動啟動；另一邊廂，一個天才程式員自殺。兩宗看似不相關的事件，竟將東京捲入一場前所未見的風暴之中.........

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