電影: Yukitoshi Hori

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位於東京．八丈島近海的海洋設施「太平洋浮標」，其建造目的在連結全球警察的監控鏡頭。 因應正式營運，為了連上歐洲的警察組織．歐洲刑警組織管轄的網路，世界各國的工程師紛紛齊聚一堂。某項運用人臉識別系統的「新技術」也在那裡進行測試——。 另一方面，柯南等少年偵探團一行人受園子之邀前往八丈島賞鯨。然而隨後卻接到了沖矢昴（赤井秀一）的電話，告知他歐洲刑警組織的職員在德國慘遭琴酒殺害。感到不安的柯南，躲進前往「太平洋浮標」警戒的黑田兵衛等警視廳相關人員搭乘的警備艇，潛入設施內。豈料，在為了系統運作而逐步...

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以東京為中心發生六件大範圍的連續殺人事件，引起警政高層的重視，柯南意外地發現「黑色組織」涉及整個事件! 如果他們知道工藤新一還活着的話，那麼新一與柯南的夥伴們會不會一併遭到追殺?! 知道事態危險的柯南又如何獨自展開搜查.....

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉)，開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險絕...

在某個漆黑的夜晚，日本警察內部遭到間諜入侵。間諜企圖竊取英國的MI6、德國的BND與美國的CIA甚至FBI的機密資料，在千鈞一髮之際被安室透率領的公安警察發現。間諜只好搶車逃走，在高速公路上與安室展開競速追逐，在險些波及其他車輛而釀成重大事故的瞬間，間諜的車被FBI的赤井秀一的來福槍子彈擊中，並從公路上墜落。隔天，柯南等人到改建後盛況空前的東都水族館遊覽。 在作為特色景點的大型摩天輪下，柯南發現一位外貌端莊、孤身一人的受傷女性，又看出她左右瞳孔顏色相異，也就是俗稱的「odd-eyes」。但是，...

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